TUGAS UAS TENTANG "AQUACULTURE BIOINFORMATIC"

 PENERAPAN SELEKSI FAMILI F3 PADA IKAN NILA HITAM (Oreochromis niloticus)

            Ikan nila merupakan salah satu ikan konsumsi yang digemari oleh masyarakat, oleh sebab itu untuk meningkatkan mutu ikan nila perlu dilakukan rekayasa genetika, salah satunya dengan cara menyeleksi famili agar didapatkan jenis ikan nila yang berkualitas tinggi. Seleksi family adalah salah satu cara yang efektif untuk memperbaiki mutu induk ikan nila. Secara biologis ikan nila memiliki hereditas yang rendah dibandingkan dengan ikan air tawar lainnya. Metode seleksi famili dapat menghasilkan strain baru dengan menggunakan sumber genetic ikan nila yang ada didalam negeri, seperti yang telah diperlihatkan oleh performance GET EXCEL 2002. Penerapan selektif breeding menghasilkan genetik gain mencapai 38,12% dari generasi GIFT 1997 ke generasi GET EXCEL 2002, sehinga pertumbuhan rataan dalam dua setengah bulan dapat mencapai bobot 100 gram per ekor.

            Pada tahun 2004 telah dihasilkan koleksi 10 strain ikan nila dan pembuatan populasi dasar. Pada tahun 2005 telah menghasilkan generasi pertama (F1), tahun 2006 telah menghasilkan generasi F2, dan tahun 2007 telah menghasilkan generasi F3. Adapun pada seleksi famili ada dua pendekatan cara yaitu seleksi antar famili dan seleksi didalam famili. Cara seleksi famili yang digunakan adalah cara seleksi dalam famili (within family selection). Metode ini mengacu kepada Standar Prosedur Operasional Pemuliaan ikan nila No. 2 yang dibuat oleh Pusat Pengembangan Induk Ikan Nila Nasional tahun 2004. Famili atau keluarga F3 yang dibuat berasal dari hasil perkawinan antar anggota famili F2 secara inbreeding. Tahap awal yang harus dilakukan untuk proses seleksi famili yaitu mengetahui kematangan gonad ikan nila. Pematangan gonad merupakan tahap penting agar induk siap memijah, namun sebelumnya dilakukan pemotongan pre-maxila bagian atas induk jantan untuk mencegah induk jantan melukai induk betina Setelah menentukan kematangan gonad kemudian tahap selanjutnya adalah melakukan pemijahan, didalam pemijahan seleksi famili induk ikan dikelompokkan sebagai famili atau keluarga berdasarkan persilangan dalam famili F2 hasil kegiatan tahun 2006 (in breeding). Satu famili adalah persilangan 4-5 pasangan jantan dan betina, kemudian tahap terakhir adalah elakukan pembesaran larva ikan nila. Sekian ringkasan yang sudah saya buat, semoga bermanfaat bagi kita semua.

 Lebih jelasnya dapat melihat dari jurnal yang sudah saya unduh dibawah ini, terima kasih.

Sumber :

ejournal.undip.ac.id/index.php/saintek/article/download/376/868

Bioinformatic of Aquaculture

Bioinformatic of Aquaculture

            Pada prinsinya pendekatan biologi moelekuler dapat ditempuhdengan tiga tingkatan molekuler yang berbeda . Pertama, studi pada tingkat DNA yang disebut (Anotasi Genom), yaitu mengidentifikasi gen-gen pada suatu genom, yang kemudian menganalisis letak dan fungsi gen-gen tersebut. Kedua, studi pada tingkat RNA (Transkriptomika), yaitu menguji seluruh transkrip (produk transkripsi gen) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiga, studi pada tingkat protein (Proteomika), yaitu menguji seluruh protein (produk translasi RNA) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiganya bertujuan untuk meningkuatkan kualitas dan jumlah produksi budidaya perikanan.

ANOTASI GENOM

            Anotasi genom dapat dilakukan dengan menggunakan program BLAST. Program BlAST berperan pada bidang Contohnya pada penelitian mengenai cloning hormone pertumbuhan pada ikan gurame.. Perkembangan ikan gurame yang relative lambat merupakan masalah dalam budidaya ikan gurame. Dengan cloning hormon pertumbuhan gurame diharapkan akan mampu menmpercepat pertumbuhan ikan gurame. Hormone pertumbuhan pada ikan gurame diekstrak kemudian kemudian dilakukan cloning/ penggandaan dengan bakteri e coli. Setelah melalui beberapa tahap dilakukan sekuensing pada DNA hasil cloning untuk melihat urutan DNA nya. kemudian gen hasil cloning tersebut diananalisa dan dicocokkan dengan DNA hormone pertumbuhan ikan yang ada di gen bank dengan menggunakan program BLAST. Dengan menggunakan program BLAST dapat disimpulkan bahwa gen hasil sekuensing merupakan growth hormone yang mengekspresikan pertumbuhan pada ikan gurame. Bila tidak ada program BLAST, mungkin akan sulit untuk menganalisa apakah gen hasil cloning benar benar merupakan hormone pertumbuhan pada ikan gurame.

TRANSKRIPTOMIKA

Penggunaan DNA chip (microarray) merupakan cara terbaik untuk mempelajari fungsi genom pada tingkat RNA. Microarray ialah suatu lempengan yang membawa dna dalam urutan yang teratur. Microarray dibuat dengan mesin untuk mentransfer ratusan hingga ribuan tetes DNA ke posisi tertentu pada lempengan chip. DNA tersebut dinamakan probe. Probe dapat berupa cDNA yag mewakili hampir semua gen dari organism. Sebagai catatan cDNa merupakan DNA yang disintesis mrNA dengan bantuan enzim transcriptase balik. Contoh pada bidang perikanan adalah pembuatan e-microarray untuk mempelajari ekspresi gen pada ikan s. senegalensis.

PROTEOMIKA

Fungsi genom dapat dipelajari pada tingkat protein atau tingkat translasi melalui analisis seluruh protein yang dihasilkan oleh suatu organisme. Analisis protein skala besar seperti ini dikenal dengan sebutan Proteomika. Analisis protein dalam bidang perikanan dapat digunakan untuk pembuatan pakan ikan berdasarkan protein yang terkandung dalam tubuh ikan tersebut. Hasil sequens yang didapat biasanya dicocokkan dengan program BLASTn untuk mengetahui komponen asam amino penyandinya.

            Hormon pertumbuhan (growth hormone, GH ) merupakan salah satu hormone yang disekresikan oleh somatotrof dari kelenjar pituitary. Hormon ini banyak diteliti dan digunakan sebagai model untuk ilmu fisiologi, pengaturan ekskresi  gen, hubungan struktur, dan fungsi serta evolusi  gen. GH memiliki peran penting dalam pengaturan pertumbuhan dan perkembangan dengan cara mendukung proses pembelahan , diferensiasi, dan pembesaran ukuran sel.Hormon pertumbuhan berperan penting dalam pengaturan pertumbuhan dan pengaturan sel somatik. Hal ini telah dibuktikan bahwa penambahan kandungan GH didalam tubuh ikan meningkatkan laju pertumbuhan dan ukuran tubuhnya secara drastis.  

Sumber :

http://isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/3208183190.pdf

http://dc301.4shared.com/doc/4VEkUaz9/preview.html

Ido istiaji Nugroho

26010210130083

BDP

isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/18308217226.pdf

JURNAL TENTENG SISTEM INFORMASI GEOGRAFIS DAN PENGINDERAAN JAUH BESERTA RESUMANNYA

isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/18308217226.pdf

RESUMAN DARI JURNAL APLIKASI SISTEM INFORMASI GEOGRAFIS UNTUK STUDI KESESUAIAN BUDIDAYA IKAN KERPU DALAM KERAMBA JARING APUNGDI PERAIRAN PULAU KAMBUNO , KEPULAUAN SEMBILAN KABUPATEN SINJAI

            Jurnal diatas membahas mengenai Aplikasi Sistem Informasi Geografis untuk studi kesesuaian budidaya ikan kerapu dalam karamba jaring apung diperairan pulau kambuno Kepulauan Sembilan Kabupaten Sinjai, jurnal tersebut berisi mengenai penelitian tempat untuk budidaya karamba jaring apung melalui aplikasi Sistem Informasi Geografis dan penginderaan jauh, dijelaskan bahwa dalam usaha budidaya ikan perlu diperhatikan berbagai aspek, sehingga dapat memberikan hasil yang maksimal melalui penerapan ilmu pengetahuan dan teknologi dalam bidang kelautan dan perikanan. Bentuk penerapan ilmu pengetahuan dan teknologi dalam bidang kelautan dan perikanan yaitu dengan mengetahui daerah yang potensi sebagai lokasi budidaya ikan sehingga nelayan dapat lebih mengefisienkan penggunaan waktu, biaya dan lebih dari itu dapat memperoleh hasil yang maksimal. Salah satu cara budidaya yang dapat dilakukan adalah budidaya ikan melalui jaring apung atau keramba jarring apung.

            Jurnal diatas berisikan mengenai berbagai cara yang dapat dilakukan untuk menentukan daerah yang cocok yang dapat digunakan sebagai tempat budidaya dengan cara keramba jaring apung melalui aplikasi Sistem Informasi Geografis dan Penginderaan Jauh, yaitu melalui pengukuran kualitas air dan analisis data dengan Sistem informasi Geografis. Disekitar perairan pulau kambuno kecamatan kepulauan Sembilan, Kabupaten Sinjai Sulawesi Selatan. Kelebihan jurnal diatas yaitu dalam penelitiannya menyertakan pengukuran kualitas air, dimana kualitas air adalah hal yang utama didalam sebuah proses budidaya, karena kualitas air berhubungan langsung dengan kultivan yang akan dibudidayakan serta penerapan analisis Sistem Informasi Geografis yang digabungkan dengan Penginderaan Jauh. Pengukuran kualitas air meliputi pengukuran gelombang, kedalaman, arus, kecerahan, salinitas, suhu, oksigen terlarut (DO) dan derajat keasaman (pH), sedangkan untuk analisis Sistem Informasi Geografis langkah awal yang dilakukan adalah melakukan digitasi terhadap hasil scanning, melakukan interpolasi terhadap parameter kimia dan fisika , melakukan topologi, melakukan pemodelan, melakukan scoring dan yang terakhir melakukan penyatuan terhadap hasil analisis yang sudah didapat. Jurnal tersebut masih mempunyai kekurangan atau kelemahan karena dalam pembuatan peta wilayah, tidak dicantumkan letak koordinatnya, hanya gambar peta lokasi yang diambil dari foto satelit. Seharusnya dicantumkan letak koordinat agar hasil yang didapat lebih valid dan pasti. Berdasarkan penelitian yang sudah dilakukan dapat disimpulkan bahwa pada perairan pulau Kambuno dapat dijadikan lokasi budidaya ikan kerapu dalam karamba jaring apung dengan tingkat kesesuaian yang bebeda-beda. Dengan adanya Sistem Informasi Geografis dan Penginderaan Jauh dapat membantu dalam proses pengambilan keputusan dalam mengembangkan daerah tersebut. Keseluruhan proses \mulai dari pengambilan data, analisis data hingga penggunaan data tersebut.

             

Penginderaan Jauh

Penginderaan Jauh

Sabins (1996) dalam Kerle, et al. (2004) menjelaskan bahwa penginderaan jauh adalah ilmu untuk memperoleh, mengolah dan menginterpretasi citra yang telah direkam yang berasal dari interaksi antara gelombang elektromagnetik dengan sutau objek. Sedangkan menurut Lillesand and Kiefer (1993), Penginderaan jauh adalah ilmu dan seni untuk memperoleh informasi tentang suatu objek, daerah atau fenomena melalui analisis data yang diperoleh dengan suatu alat tanpa kontak langsung dengan objek, daerah atau fenomena yang dikaji.

Data penginderaan jauh diperoleh dari suatu satelit, pesawat udara balon udara atau wahana lainnya. Data-data tersebut berasal rekaman sensor yang memiliki karakteristik berbeda-beda pada masing-masing tingkat ketinggian yang akhirnya menentukan perbedaan dari data penginderaan jauh yang di hasilkan (Richards and Jia, 2006).

Pengumpulan data penginderaan jauh dapat dilakukan dalam berbagai bentuk sesuai dengan tenaga yang digunakan. Tenaga yang digunakan dapat berupa variasi distribusi daya, distribusi gelombang bunyi atau distribusi energi elektromagnetik (Purwadhi, 2001).

Skema Umum Penginderaan Jauh

Penginderaan jauh sangat tergantung dari energi gelombang elektromagnetik. Gelomabng elektromagnetik dapat berasal dari banyak hal, akan tetapi gelombang elektromagnetik yang terpenting pada penginderaan jauh adalah sinar matahari. Banyak sensor menggunakan energi pantulan sinar matahari sebagai sumber gelombang elektromagnetik, akan tetapi ada beberapa sensor penginderaan jauh yang menggunakan energi yang dipancarkan oleh bumi dan yang dipancarkan oleh sensor itu sendiri. Sensor yang memanfaatkan energi dari pantulan cahaya matahari atau energi bumi dinamakan sensor pasif, sedangkan yang memanfaatkan energi dari sensor itu sendiri dinamakan sensor aktif (Kerle, et al., 2004)

Ukuran energi yang dipantulkan dan dipancarkan oleh sensor penginderaan jauh (Karle, el al., 2004)

Analisa data penginderaan jauh memerlukan data rujukan seperti peta tematik, data statistik dan data lapangan. Hasil nalisa yang diperoleh berupa informasi mengenai bentang lahan, jenis penutup lahan, kondisi lokasi dan kondisi sumberdaya lokasi. Informasi tersebut bagi para pengguna dapat dimanfaatkan untuk membantu dalam proses pengambilan keputusan dalam mengembangkan daerah tersebut. Keseluruhan proses pmulai dari pengambilan data, analisis data hingga penggunaan data tersebut disebut Sistem Penginderaan Jauh (Purwadhi, 2001)

Penginderaan Jauh dalam SIG

Interpretasi Citra Penginderaan Jauh

           Ada beberapa objek yang dapat dikenali secara langsung tetapi ada sebagain objek yg malah tidak dikenali. Proses pengenalan objek ini sangat tergantung dari pengalaman dan persepsi dari orang yg melihat foto tersebut. Bagi yg dah biasa, mungkin dapat secara mudah mengidentikasi objek, tetapi bagi yg ga berpengalaman proses pengenalan objek akan sangat2 susah. Apabila dah bisa mengenali objek tersebut dan dah bisa menyampaikan informasinya kepada orang lain maka kita sedang melakukan proses interpretasi. Pekerjaan interpretasi bukan hanya dilakukan oleh para fotografer tapi juga oleh orang2 yang berada didisiplin ilmu penginderaan jauh, bahkan bagi orang2 yg bergantung pada hasil penginderaan jauh, interpretasi merupakan langkah awal yang sangat menentukkan bagi hasil pekerjaannya nanti.

            Estes dan Simonett (1975) dalam Sutanto (1992) mengatakan bahwa interpretasi citra merupakan perbuatan mengkaji foto udara dan atau citra dengan maksud untuk mengidentifikasi objek dan menilai arti pentingnya objek tersebut. Pengalaman sangat menentukkan hasil interpretasi, karena persepsi pengenalan objek bagi orang2 yang berpengalaman biasanya lebih konstan atau dengan kata lain pengenalan objek yang sama pada berbagai bentuk citra akan selalu sama. Misalkan pada citra A dianggap sebuah pemukiman, maka pada citra B atau C pun tetap bisa dikenal sebagai pemukiman walaupun agak sedikit berbeda dalam penampakannya.

            Ada tiga hal penting yang perlu dilakukan dalam proses interpretasi, yaitu deteksi, identifikasi dan analisis. Deteksi citra merupakan pengamatan tentang adanya suatu objek, misalkan pendeteksian objek disebuah daerah dekat perairan. Identifikasi atau pengenalan merupakan upaya mencirikan objek yang telah dideteksi dengan menggunkan keterangan yang cukup, misalnya mengidentifikasikan suatu objek berkotak2 sebagai tambak di sekitar perairan karena objek tersebut dekat dengan laut. Sedangkan analisis merupakan pengklasifikasian berdasarkan proses induksi dan deduksi, seperti penambahan informasi bahwa tambak tersebut adalah tambak udang dan dklasifikasikan sebagai daerah pertambakan udang.

            Interpretasi citra penginderaan jauh dapat dilakukan dengan dua cara yaitu interpretasi secara manual dan interpretasi secara digital (Purwadhi, 2001). Interpretasi secara manual adalah interpretasi data penginderaan jauh yang mendasarkan pada pengenalan ciri/karakteristik objek secara keruangan. Karakteristik objek dapat dikenali berdasarkan 9 unsur interpretasi yaitu bentuk, ukuran, pola, bayangan, rona/warna, tekstur, situs, asosiasi dan konvergensi bukti. Interpretasi secara digital adalah evaluasi kuantitatif tentang informasi spektral yang disajikan pada citra. Dasar interpretasi citra digital berupa klasifikasi citra pixel berdasarkan nilai spektralnya dan dapat dilakukan dengan cara statistik. Dalam pengklasifikasian citra secara digital, mempunyai tujuan khusus untuk mengkategorikan secara otomatis setiap pixel yang mempunyai informasi spektral yang sama dengan mengikutkan pengenalan pola spektral, pengenalan pola spasial dan pengenalan pola temporal yang akhirnya membentuk kelas atau tema keruangan (spasial) tertentu.

Sumber:

Purwadhi, Sri Hardiyanti. 2001. Interpretasi Citra Digital. Grasindo. Jakarta

Lillesand, Thomas M., Ralph W Kiefer. 1990. Penginderaan Jauh dan Interpretasi Citra. Gajah Mada University Press. Jogyakarta

Sutanto. 1992. Penginderaan Jauh; Jilid 1. Gajah Mada University Press. Jogyakarta

CPLO. 1996. Penginderaan Jauh Terapan. UI Press. Jakarta