TUGAS UAS TENTANG "AQUACULTURE BIOINFORMATIC"

 PENERAPAN SELEKSI FAMILI F3 PADA IKAN NILA HITAM (Oreochromis niloticus)

            Ikan nila merupakan salah satu ikan konsumsi yang digemari oleh masyarakat, oleh sebab itu untuk meningkatkan mutu ikan nila perlu dilakukan rekayasa genetika, salah satunya dengan cara menyeleksi famili agar didapatkan jenis ikan nila yang berkualitas tinggi. Seleksi family adalah salah satu cara yang efektif untuk memperbaiki mutu induk ikan nila. Secara biologis ikan nila memiliki hereditas yang rendah dibandingkan dengan ikan air tawar lainnya. Metode seleksi famili dapat menghasilkan strain baru dengan menggunakan sumber genetic ikan nila yang ada didalam negeri, seperti yang telah diperlihatkan oleh performance GET EXCEL 2002. Penerapan selektif breeding menghasilkan genetik gain mencapai 38,12% dari generasi GIFT 1997 ke generasi GET EXCEL 2002, sehinga pertumbuhan rataan dalam dua setengah bulan dapat mencapai bobot 100 gram per ekor.

            Pada tahun 2004 telah dihasilkan koleksi 10 strain ikan nila dan pembuatan populasi dasar. Pada tahun 2005 telah menghasilkan generasi pertama (F1), tahun 2006 telah menghasilkan generasi F2, dan tahun 2007 telah menghasilkan generasi F3. Adapun pada seleksi famili ada dua pendekatan cara yaitu seleksi antar famili dan seleksi didalam famili. Cara seleksi famili yang digunakan adalah cara seleksi dalam famili (within family selection). Metode ini mengacu kepada Standar Prosedur Operasional Pemuliaan ikan nila No. 2 yang dibuat oleh Pusat Pengembangan Induk Ikan Nila Nasional tahun 2004. Famili atau keluarga F3 yang dibuat berasal dari hasil perkawinan antar anggota famili F2 secara inbreeding. Tahap awal yang harus dilakukan untuk proses seleksi famili yaitu mengetahui kematangan gonad ikan nila. Pematangan gonad merupakan tahap penting agar induk siap memijah, namun sebelumnya dilakukan pemotongan pre-maxila bagian atas induk jantan untuk mencegah induk jantan melukai induk betina Setelah menentukan kematangan gonad kemudian tahap selanjutnya adalah melakukan pemijahan, didalam pemijahan seleksi famili induk ikan dikelompokkan sebagai famili atau keluarga berdasarkan persilangan dalam famili F2 hasil kegiatan tahun 2006 (in breeding). Satu famili adalah persilangan 4-5 pasangan jantan dan betina, kemudian tahap terakhir adalah elakukan pembesaran larva ikan nila. Sekian ringkasan yang sudah saya buat, semoga bermanfaat bagi kita semua.

 Lebih jelasnya dapat melihat dari jurnal yang sudah saya unduh dibawah ini, terima kasih.

Sumber :

ejournal.undip.ac.id/index.php/saintek/article/download/376/868

Bioinformatic of Aquaculture

Bioinformatic of Aquaculture

            Pada prinsinya pendekatan biologi moelekuler dapat ditempuhdengan tiga tingkatan molekuler yang berbeda . Pertama, studi pada tingkat DNA yang disebut (Anotasi Genom), yaitu mengidentifikasi gen-gen pada suatu genom, yang kemudian menganalisis letak dan fungsi gen-gen tersebut. Kedua, studi pada tingkat RNA (Transkriptomika), yaitu menguji seluruh transkrip (produk transkripsi gen) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiga, studi pada tingkat protein (Proteomika), yaitu menguji seluruh protein (produk translasi RNA) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiganya bertujuan untuk meningkuatkan kualitas dan jumlah produksi budidaya perikanan.

ANOTASI GENOM

            Anotasi genom dapat dilakukan dengan menggunakan program BLAST. Program BlAST berperan pada bidang Contohnya pada penelitian mengenai cloning hormone pertumbuhan pada ikan gurame.. Perkembangan ikan gurame yang relative lambat merupakan masalah dalam budidaya ikan gurame. Dengan cloning hormon pertumbuhan gurame diharapkan akan mampu menmpercepat pertumbuhan ikan gurame. Hormone pertumbuhan pada ikan gurame diekstrak kemudian kemudian dilakukan cloning/ penggandaan dengan bakteri e coli. Setelah melalui beberapa tahap dilakukan sekuensing pada DNA hasil cloning untuk melihat urutan DNA nya. kemudian gen hasil cloning tersebut diananalisa dan dicocokkan dengan DNA hormone pertumbuhan ikan yang ada di gen bank dengan menggunakan program BLAST. Dengan menggunakan program BLAST dapat disimpulkan bahwa gen hasil sekuensing merupakan growth hormone yang mengekspresikan pertumbuhan pada ikan gurame. Bila tidak ada program BLAST, mungkin akan sulit untuk menganalisa apakah gen hasil cloning benar benar merupakan hormone pertumbuhan pada ikan gurame.

TRANSKRIPTOMIKA

Penggunaan DNA chip (microarray) merupakan cara terbaik untuk mempelajari fungsi genom pada tingkat RNA. Microarray ialah suatu lempengan yang membawa dna dalam urutan yang teratur. Microarray dibuat dengan mesin untuk mentransfer ratusan hingga ribuan tetes DNA ke posisi tertentu pada lempengan chip. DNA tersebut dinamakan probe. Probe dapat berupa cDNA yag mewakili hampir semua gen dari organism. Sebagai catatan cDNa merupakan DNA yang disintesis mrNA dengan bantuan enzim transcriptase balik. Contoh pada bidang perikanan adalah pembuatan e-microarray untuk mempelajari ekspresi gen pada ikan s. senegalensis.

PROTEOMIKA

Fungsi genom dapat dipelajari pada tingkat protein atau tingkat translasi melalui analisis seluruh protein yang dihasilkan oleh suatu organisme. Analisis protein skala besar seperti ini dikenal dengan sebutan Proteomika. Analisis protein dalam bidang perikanan dapat digunakan untuk pembuatan pakan ikan berdasarkan protein yang terkandung dalam tubuh ikan tersebut. Hasil sequens yang didapat biasanya dicocokkan dengan program BLASTn untuk mengetahui komponen asam amino penyandinya.

            Hormon pertumbuhan (growth hormone, GH ) merupakan salah satu hormone yang disekresikan oleh somatotrof dari kelenjar pituitary. Hormon ini banyak diteliti dan digunakan sebagai model untuk ilmu fisiologi, pengaturan ekskresi  gen, hubungan struktur, dan fungsi serta evolusi  gen. GH memiliki peran penting dalam pengaturan pertumbuhan dan perkembangan dengan cara mendukung proses pembelahan , diferensiasi, dan pembesaran ukuran sel.Hormon pertumbuhan berperan penting dalam pengaturan pertumbuhan dan pengaturan sel somatik. Hal ini telah dibuktikan bahwa penambahan kandungan GH didalam tubuh ikan meningkatkan laju pertumbuhan dan ukuran tubuhnya secara drastis.  

Sumber :

http://isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/3208183190.pdf

http://dc301.4shared.com/doc/4VEkUaz9/preview.html

Ido istiaji Nugroho

26010210130083

BDP