Bioinformatic of Aquaculture
Pada prinsinya pendekatan biologi
moelekuler dapat ditempuhdengan tiga tingkatan molekuler yang berbeda .
Pertama, studi pada tingkat DNA yang disebut (Anotasi Genom), yaitu
mengidentifikasi gen-gen pada suatu genom, yang kemudian menganalisis letak dan
fungsi gen-gen tersebut. Kedua, studi pada tingkat RNA (Transkriptomika), yaitu
menguji seluruh transkrip (produk transkripsi gen) yang dihasilkan oleh suatu
genom. Ketiga, studi pada tingkat protein (Proteomika), yaitu menguji seluruh
protein (produk translasi RNA) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiganya
bertujuan untuk meningkuatkan kualitas dan jumlah produksi budidaya perikanan.
ANOTASI GENOM
Anotasi
genom dapat dilakukan dengan menggunakan program BLAST. Program BlAST berperan
pada bidang Contohnya pada penelitian mengenai cloning hormone pertumbuhan pada
ikan gurame.. Perkembangan ikan gurame yang relative lambat merupakan masalah
dalam budidaya ikan gurame. Dengan cloning hormon pertumbuhan gurame diharapkan
akan mampu menmpercepat pertumbuhan ikan gurame. Hormone pertumbuhan pada ikan
gurame diekstrak kemudian kemudian dilakukan cloning/ penggandaan dengan bakteri
e coli. Setelah melalui beberapa tahap dilakukan sekuensing pada DNA hasil
cloning untuk melihat urutan DNA nya. kemudian gen hasil cloning tersebut
diananalisa dan dicocokkan dengan DNA hormone pertumbuhan ikan yang ada di gen
bank dengan menggunakan program BLAST. Dengan menggunakan program BLAST dapat
disimpulkan bahwa gen hasil sekuensing merupakan growth hormone yang
mengekspresikan pertumbuhan pada ikan gurame. Bila tidak ada program BLAST,
mungkin akan sulit untuk menganalisa apakah gen hasil cloning benar benar
merupakan hormone pertumbuhan pada ikan gurame.
TRANSKRIPTOMIKA
Penggunaan DNA
chip (microarray) merupakan cara terbaik untuk mempelajari fungsi genom pada
tingkat RNA. Microarray ialah suatu lempengan yang membawa dna dalam urutan
yang teratur. Microarray dibuat dengan mesin untuk mentransfer ratusan hingga
ribuan tetes DNA ke posisi tertentu pada lempengan chip. DNA tersebut dinamakan
probe. Probe dapat berupa cDNA yag mewakili hampir semua gen dari organism.
Sebagai catatan cDNa merupakan DNA yang disintesis mrNA dengan bantuan enzim
transcriptase balik. Contoh pada bidang perikanan adalah pembuatan e-microarray
untuk mempelajari ekspresi gen pada ikan s. senegalensis.
PROTEOMIKA
Fungsi genom
dapat dipelajari pada tingkat protein atau tingkat translasi melalui analisis
seluruh protein yang dihasilkan oleh suatu organisme. Analisis protein skala
besar seperti ini dikenal dengan sebutan Proteomika. Analisis protein dalam
bidang perikanan dapat digunakan untuk pembuatan pakan ikan berdasarkan protein
yang terkandung dalam tubuh ikan tersebut. Hasil sequens yang didapat biasanya
dicocokkan dengan program BLASTn untuk mengetahui komponen asam amino
penyandinya.
Hormon pertumbuhan (growth hormone, GH ) merupakan salah
satu hormone yang disekresikan oleh somatotrof dari kelenjar pituitary. Hormon
ini banyak diteliti dan digunakan sebagai model untuk ilmu fisiologi,
pengaturan ekskresi gen, hubungan
struktur, dan fungsi serta evolusi gen.
GH memiliki peran penting dalam pengaturan pertumbuhan dan perkembangan dengan
cara mendukung proses pembelahan , diferensiasi, dan pembesaran ukuran sel.Hormon
pertumbuhan berperan penting dalam pengaturan pertumbuhan dan pengaturan sel somatik.
Hal ini telah dibuktikan bahwa penambahan kandungan GH didalam tubuh ikan
meningkatkan laju pertumbuhan dan ukuran tubuhnya secara drastis.
Sumber
:
Ido
istiaji Nugroho
26010210130083
BDP
Tidak ada komentar:
Posting Komentar